社会组织与政府合作，需要政府不同部门、领导和人员，从上到下的协作配合。
在某商会与崇明区人民政府合作中，往往崇明区人民政府与商会有较强的合作意向，但未形成书面的合作意向或批示等行政指令。
政府职能部门在没有上级部门明确的文件或主要领导的指示批示的情况下，
对于没有直接益处的合作，缺乏与商会合作的积极性。
部分职能部门的领导对某商会认识不足，认为商会是为了自身利益，谋求政府权力才与政府合作。
部分工作人员更是对合作表示出事不关己的态度。
在合作中途也容易因职能部门领导更换，新老领导合作意识的不同造成合作的中断，不能保持合作的延续性。
政府对商会的认知是影响政会合作的重要因素。
政府高层领导已意识到商会的作用，但大部分经办人员未及时转变对商会组织的固有观念，
让商会在合作中感到部分职能部门门难进、脸难看、合作难、效率低，在落实合作项目时阻碍重重。
相关访谈内容同样支持上述观点——（崇明区经济促进会理事）：
个别政府部门的领导对崇明的经济不上心，没有对崇明经济整体发展的思考和规划，所以对一些合作项目觉得无所谓，
反正我在这里干我自己本职工作，其他一些额外的事情不是他的职责和分内事，不用多管闲事。
职能部门一定要对崇明发展有思路，要积极支持，哪怕不是在我职责范围内，我也要想方设法把这个项目争取下来，要有这样的出发点和思想觉悟。
政府与商会的持续合作关键是要双向持续努力，上下级部门要无缝对接，持续合作就没有大的问题。
（该商会副秘书长）：
现在我们为什么要向区委书记作专题汇报，
因为我们这几年来做的事，他们也看在眼里。
我们接下来为崇明做事，在推进过程中，办事再也不能走个人感情的路，走关系的路了。
商会办的事，政府应该要给商会开个“绿灯”。
政府部门有一种感觉，好像我们商会出场，就是为企业做事情，肯定有好处，其实我们没好处的。
他们往往理解错了。
我认为部委办局现在有一个误区，商会就是要钱要项目。
但是我们来做这个项目，没有好处的，更没有报酬，就是为了推一把企业。
比如说最近我有两个项目，我感觉部门合作理念没有转变，很长时间了，合作的积极性不高。
有个申请国家地理标志的材料要修改，我交上去2个多月了，都没有批复，效率太低了。
持续性合作的制度不健全也是一个重要问题。
康晓光认为在正式制度非常发达的环境中，制度是支配合作过程的主要因素。
但是，当前支撑社会组织与政府持续合作的正式制度非常匮乏，双方的合作只能“因地制宜”、“因人制宜”
1. 目前为止国家层面未出台《商会法》之类的专门法律，而在整个政会关系中，只有政府购买服务的合作方式具有相关法规。
但是政府购买服务的周期一般为一年，不利于开展持续性合作。
周俊认为政府与社会组织的关系存在多种形态，涉及行政监管、政府扶持、政会合作和政策参与四个领域，
而这四个主要领域都具有制度不足及制度多样性特征。
政会关系的其他内容是通过以民政部门为主制订的各类部门行政规章、各地方政府制定的地方性法规和地方行政规章加以规范的，
而地方性法规和行政规章通常只针对地方性和部门性事务，很难具有全局性和系统性。
2. 政会关系制度的不确定，带来政府与商会合作的非制度化，导致合作游离在官方公开合作和民间私下合作的灰色地带。
没有制度的约束，人为因素就会极大影响合作的可持续性。
崇明区某商会与政府虽然合作时间较长，却未形成具有法律效应的合作协议等正式的合作制度，
通常采用非正式、非制度化的合作方式。
没有制度的保障，双方持续合作中面临的不确定因素增多，
例如政府及其职能部门的人事变动、政府的产业发展重点和招商政策调整等都不利于保持双方长远合作。
相关访谈内容同样支持上述观点——（该商会副秘书长）：
商会与政府制度性的可持续性合作，是商会可持续发展的一个必备的条件。目前商会没有制度保障后续的合作，合作的偶然性太大。
